安全標準化建設在企業已經實行多年，但在落地實施的過程中還存在不少問題，比如“兩張皮”現象、沒有全員參與等。
有的企業老板只關心能不能發證，不關心標準化的實際運行效果。企業要想做好標準化工作，最主要的是落實企業的安全生產主體責任。如果企業領導不重視，只是交給安全部門去做，就很難做好。一是安全部門不可能調動企業所有的資源，二是安全部門只是一個職能部門，沒有那么強的領導力和感召力。
安全生產標準化不僅僅是安全部門的事，而是全公司、全員的事情，只有每個人都參與，才有可能做好。但部分企業的管理人員和員工難以理解創建安全標準化企業對于企業安全生產工作的重要意義，把它當做一項攤派任務來對待，工作中存有抵觸情緒，敷衍應付。檢查來了就抓一抓，檢查走了，該啥樣還啥樣，使標準化工作落不到實處，流于形式。甚至有的企業只是找一套模板，填寫一下表格，或者找第三方中介結構幫忙整理一套資料，安全部門照著填填應付評審和檢查，根本不會對企業的安全生產起到促進作用，但是人力、物力、財力也沒少投入。
企業通過安全標準化專家組評審，取得證書后，日常管理停止不前，停留在說一套，做一套。所有的工作都是安全部門在負責，車間、班組對標準化實施情況不了解，這樣在運行過程中也不會發現什么問題，更不用說PDCA持續循環改進。企業在運行過程中執行標準不嚴格，在執行、培訓、檢查、考核等環節中都存在執行走樣的現象，安全生產標準化得不到常態實施，無法長時間維持。
運行安全生產標準化體系涉及的事項多而雜，企業必須要有體系人才儲備。但在實際運行中，一些企業只是簡單地抽調人員、成立機構，而沒有配備熟悉體系要素要求，具有一定安全理論、實踐與現場安全管理經驗的人實施，導致實際管理執行不到位。譬如相關管理人員對落實危險化學品的安全生產管理認識不足，不能把管理制度落實到實際的生產、使用環節中；企業對危險化學品的安全管理標準不明確，甚至存在多個管理標準并存的現象，從而造成管理混亂，給相關工作人員帶來負擔。
危險化學品的風險分析涉及的事物多、范圍廣，相關分析人員，分析過程中容易忽略外來因素的影響，導致相關因素的管理與控制不到位。譬如，相關企業對安全生產標準化的信息獲取不及時，風險檢測不規律，相關事項的方向信息更新不及時。相關工作人員對于危險化學品的風險分析結果不重視，使其教育意義流于形式。
